Přehled současných vyšetření SARS-CoV-2 v NČLP (k 1. 4. 2021):

 

Žlutě podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 1. 12. 2020 (prosincový upgrade NČLP).

Zeleně podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 17. 12. 2020 (prosincový upgrade NČLP).

Azurově podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 25. 1. 2021 (mimořádný upgrade NČLP).

Purpurově podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 17. 2. 2021 (mimořádný upgrade NČLP).

Červeně podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 1. 3. 2021 (mimořádný upgrade NČLP).

Šedivě podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 15. 3. 2021 (mimořádný upgrade NČLP).

Modře podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 1. 4. 2021 (řádný dubnový upgrade NČLP).

 

V následujících seznamech uvádíme všechny založené položky pro vyšetření týkající se SAS-CoV-2.

Připomínáme, že položky s procedurou * slouží především k realizaci vazeb na mezinárodní položky NPU,

v tuzemské praxi používejte především položky s konkrétní procedurou.

 

 

A1. „PCR vyšetření“ (detekce RNA)

 

19934 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-] *)

19935 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-] PCR)

50701 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-] LAMP)

50702 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-] PCRM)

19936 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCRESP; přítomnost [-] *)

19937 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCRESP; přítomnost [-] PCR)

50703 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCRESP; přítomnost [-] PCRM)

50375 RNA viru SARS-CoV-2 (CSF; přítomnost [-] *)

50376 RNA viru SARS-CoV-2 (CSF; přítomnost [-] PCR)

50698 RNA viru SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-] *)

50700 RNA viru SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-] PCR)

50699 RNA viru SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-] LAMP)

 

Položky pro průkaz přítomnosti pracují s maticí MTV = KVAL - podrobněji v část „E“.

 

Položky pro průkaz mutací / delecí a pro sdělení varianty viru - viz popis níže v části „D“.

 

 

A2. „PCRQ vyšetření“ (detekce RNA - kvantitativně)

 

50704 RNA viru SARS-CoV-2 (P; arb. látková konc. [kU/l] *)

50705 RNA viru SARS-CoV-2 (P; arb. látková konc. [kU/l] PCRQ)

 

Upozornění:

Pro mikrobiologická vyšetření ze systémů SPCORL, SPCRESP a CSF se uvádí upřesnění systému - tzv. „specifikace“ (viz DASTA, datový blok ku_z_lab, atributy: syst_sp_klic a syst_sp_text a případně subsp_text).

 

Pro SPCORL (horní cesty dýchací) to jsou specifikace: LANTH, LASIN, PUMEAR, PUSIN, SWEAR, SWGIN, SWLAR (výtěr z laryngu), SWMEAR, SWMOU, SWNAS (výtěr z nosu), SWNTH (výtěr z nosohltanu), SWTHR (výtěr z hrdla), SWTON (výtěr z tonsil), GARF (tekutina získaná kloktáním hltanu a dutiny ústní).

 

Pro SPCRESP (dolní cesty dýchací) jsou secifikace: ASBRO, ASTRA, BRBRC, ENDOTRAC, EXSOPNT (sputum vykašlané), EXINDUK (sputum indukované), LABRAL, LABRALC, LABRO, LUNG(BI), PLF.

 

Pro CSF (likvor) jsou specifikace: KOMORY, PATKANAL.

 

Pro SAL (sliny) nejsou žádné další specifikace (systém je samostatný, není součástí SPCORL).

 

Položky s procedurou * jsou pouze pro výjimečné situace, kdy nelze proceduru zjistit, používejte výjimečně! (Jsou připravené pro předávání informací ze zahraničních informačních systémů.)

 

Poznámky:

Pro vyšetření z běžných výtěrů pro vyšetření RNA viru SARS-CoV-2 slouží položka 19935.  

Pokud IS dosud neumí pracovat se specifikacemi mikrobiologických systémů, lze ji při sdělování (zejména do ÚZIS) provizorně dočasně uvádět volným textem do položky 20898 - viz níže v části „F“.

 

Procedura LAMP je nově zavedena od prosincového upgrade 2020.

Procedura PCRQ je nově zavedena od prosincového upgrade 2020 pro kvantitativní stanovení.

Procedura PCRM je zavedena jen výjimečně pro vyšetření SARS-CoV-2 na základě požadavků ÚZIS.

Běžně se PCRM v NČLP nerozlišuje, pracuje se pouze s PCR. Zavedeno pouze pro SARS-CoV-2.

 

 

B. „antigen“ (detekce antigenu)

 

19930 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-]*)
50371 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-]IA)
19931 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-]ICHR)

 

19932 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-]*)
50372 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-]IA)

19933 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-]ICHR)

 

50373 Antigen viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-]*)

50779 Antigen viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-]IA)

50374 Antigen viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-]ICHR) - rychlotest z výtěru z oblasti „ORL“

 

50696 Antigen viru SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-]*)

50778 Antigen viru SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-] IA)

50697 Antigen viru SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-]ICHR) - rychlotest ze slin

 

Položky pro průkaz přítomnosti pracují s maticí MTV = KVAL - podrobněji v část „E“.

 

Upozornění:

Pro mikrobiologická vyšetření ze systému SPCORL se uvádí upřesnění systému - tzv. „specifikace“ (viz DASTA, datový blok ku_z_lab, atributy: syst_sp_klic a syst_sp_text a případně subsp_text).

 

Pro SPCORL (horní cesty dýchací) to jsou specifikace: LANTH, LASIN, PUMEAR, PUSIN, SWEAR, SWGIN, SWLAR (výtěr z laryngu), SWMEAR, SWMOU, SWNAS (výtěr z nosu), SWNTH (výtěr z nosohltanu), SWTHR (výtěr z hrdla), SWTON (výtěr z tonsil), GARF (tekutina získaná kloktáním hltanu a dutiny ústní).

 

Pro SAL (sliny) nejsou žádné další specifikace (systém je samostatný, není součástí SPCORL).

 

Stanovení procedurou IA (například CLIA, ELISA aj.), nebo ICHR (rychlotest) jsou kvalitativně velmi odlišná, nutno rozlišovat! Stanovení s procedurou * je předpřipraveno především pro případ nových jiných vyšetření, která se objeví v mezidobí mezi upgrade NČLP. Položky s procedurou * používejte jen výjimečně!

 

K proceduře IA lze sdělovat upřesnění (specifikaci - např. CLIA, ELISA aj.), zasílá se v datovém bloku DASTA ku_z_lab v atributu spec_proc.

 

 

C. „protilátky proti SARS-CoV-2“

U položek s druhem veličiny ARBC (arb. konc.) jsou sdělované textové výsledky dle matice MTV = KVAL.

 

U položek s druhem veličiny RODIP (relativní optická denzita) jsou vždy sdělované textové výsledky dle matice MTV = KVAL a současně mohou být zasílané naměřené hodnoty jako tzv. „index pozitivity“.

 

U položek s druhem veličiny ARBSC (arbitrární látková koncentrace) jsou sdělované numerické výsledky v jednotkách kU/l (kIU/l) společně s referenčními mezemi (škálami). Pro SARS-CoV-2 dosud nejsou.

 

IgM:

 

50367 Anti-SARS-CoV-2 IgM (B; arb. konc. [arb.j.] *)

50368 Anti-SARS-CoV-2 IgM (B; arb. konc. [arb.j.] ICHR) - „rapid test“

19924 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] *)

19940 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

50369 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] ICHR)

19925 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] *)

19941 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

50370 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] ICHR) 

 

50588 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; rel. opt. denzita [-] *)

50589 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; rel. opt. denzita [-] IA)

50590 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; rel. opt. denzita [-] *)

50591 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; rel. opt. denzita [-] IA)

 

50826 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kU/l] *)

50827 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)

50828 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. látková konc. [kU/l] *)

50829 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)

 

IgG:

 

50363 Anti-SARS-CoV-2 IgG (B; arb. konc. [arb.j.] *)

50364 Anti-SARS-CoV-2 IgG (B; arb. konc. [arb.j.] ICHR) - „rapid test“

19922 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] *)

19938 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

50365 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] ICHR)

19923 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] *) 

19939 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] IA) 

50366 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] ICHR) 

50584 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; rel. opt. denzita [-] *)

50585 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; rel. opt. denzita [-] IA)

50586 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; rel. opt. denzita [-] *)

50587 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; rel. opt. denzita [-] IA)

 

50822 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kU/l] *)

50823 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)

50824 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kU/l] *)

50825 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)

 

IgA:

 

50355 Anti-SARS-CoV-2 IgA (B; arb. konc. [arb.j.] *)

50356 Anti-SARS-CoV-2 IgA (B; arb. konc. [arb.j.] ICHR)

50357 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] *)

50358 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

50359 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] ICHR)

50360 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] *)

50361 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

50362 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] ICHR)

50580 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; rel. opt. denzita [-] *)

50581 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; rel. opt. denzita [-] IA)

50582 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; rel. opt. denzita [-] *)

50583 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; rel. opt. denzita [-] IA)

 

50818 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kU/l] *)

50819 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)

50820 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kU/l] *)

50821 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)

 

IgA+IgM:

 

50377 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (P; arb. konc. [arb.j.] *)

50378 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

50379 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (S; arb. konc. [arb.j.] *)

50380 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

Je-li výsledek pozitivní, znamená to, že pozitivní je IgA, nebo IgM, nebo IgA i IgM.

 

IgM+IgG (rychlotest - IgM nebo IgG):

 

50381 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (B; arb. konc. [arb.j.] ICHR)

50382 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (P; arb. konc. [arb.j.] ICHR)

50383 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (S; arb. konc. [arb.j.] ICHR) 

Položky pro proceduru * nejsou u IgM+IgG záměrně založené.

Je-li výsledek pozitivní, znamená to, že pozitivní je IgM, nebo IgG, nebo IgM i IgG.

 

 

Poznámky k vyšetření protilátek:

Položky pro vyšetření protilátek jsou připravené obecně - jak pro průkaz přítomnosti, tak i pro následné kvalitativní vyšetření. Jsou svázané s MTV = KVAL. Viz též v části „E“.

 

Stanovení procedurou IA (například CLIA, ELISA aj.), nebo ICHR (rychlotest) jsou kvalitativně velmi odlišná, nutno rozlišovat! Stanovení s procedurou * je předpřipraveno především pro případ nových jiných vyšetření, která se objeví v období mezi upgrade NČLP. Položky s procedurou * používejte jen výjimečně!

 

K proceduře IA lze sdělovat upřesnění (specifikaci - např. CLIA, ELISA aj.), zasílá se v datovém bloku DASTA ku_z_lab v atributu spec_proc.

 

Jakmile budou k dispozici testy kvantitativní, budou založeny nové sady položek s druhem veličiny ARBSC.

 

Jednotky AU/ml nejsou v NČLP zavedené, výsledky se sdělují pouze jako formalizované texty prostřednictvím položek s druhem veličiny ARBC (arb. konc.) v [arb.j.].

 

 

D. „mutace/delece a varianty SARS-CoV-2“

 

Původně provizorně založené položky 50780 a 50781 byly nahrazené položkami pro průkaz mutací a delecí a položkami pro určení varianty sekvenačně i nesekvenačně.

 

K 1. 3. 2021 byly tyto původní provizorní položky označené jako obsoletní,

od 1. 4. 2021 jsou neaktuální - nepoužívat:

 

50780 RNA viru SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] *)

50781 RNA viru SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] PCR)

 

 

Průkaz mutací / delecí:

 

50784 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA; přítomnost [-] *)

50785 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA; přítomnost [-] PCR)

50786 RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA; přítomnost [-] *)

50787 RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA; přítomnost [-] PCR)

50788 RNA viru SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] *)

50789 RNA viru SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] PCR)

50790 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA; přítomnost [-] *)

50791 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA; přítomnost [-] PCR)

50792 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA; přítomnost [-] *)

50793 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA; přítomnost [-] PCR)

50794 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA; přítomnost [-] *)

50795 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA; přítomnost [-] PCR)

50796 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA; přítomnost [-] *)

50797 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA; přítomnost [-] PCR)

50798 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA; přítomnost [-] *)

50799 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA; přítomnost [-] PCR)

50800 RNA viru SARS-CoV-2 - T716I (RNA; přítomnost [-] *)

50801 RNA viru SARS-CoV-2 - T716I (RNA; přítomnost [-] PCR)

 

50806 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA; přítomnost [-] *)

50807 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA; přítomnost [-] PCR)

50808 RNA viru SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] *)

50809 RNA viru SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] PCR)

50810 RNA viru SARS-CoV-2 - K417T (RNA; přítomnost [-] *)

50811 RNA viru SARS-CoV-2 - K417T (RNA; přítomnost [-] PCR)

50812 RNA viru SARS-CoV-2 - L452R (RNA; přítomnost [-] *)

50813 RNA viru SARS-CoV-2 - L452R (RNA; přítomnost [-] PCR)

50814 RNA viru SARS-CoV-2 - N501T (RNA; přítomnost [-] *)

50815 RNA viru SARS-CoV-2 - N501T (RNA; přítomnost [-] PCR)

50838 RNA viru SARS-CoV-2 - F888L (RNA; přítomnost [-] *)

50839 RNA viru SARS-CoV-2 - F888L (RNA; přítomnost [-] PCR)

50836 RNA viru SARS-CoV-2 - V1176F (RNA; přítomnost [-] *)

50837 RNA viru SARS-CoV-2 - V1176F (RNA; přítomnost [-] PCR)

50906 RNA viru SARS-CoV-2 - Del141-143 (RNA; přítomnost [-] *) 

50907 RNA viru SARS-CoV-2 - Del141-143 (RNA; přítomnost [-] PCR) 

 

Položky pro průkaz přítomnosti pracují s maticí MTV = KVAL - podrobněji v část „E“.

 

 

Interpretace vyšetření mutací a delecí - určení varianty (tj. pro nesekvenačních vyšetření):

 

50782 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (RNA; vlastnost/popis [-] *)

50783 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (RNA; vlastnost/popis [-] PCR) - formalizovaně (ÚZIS)

 

50816 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-] *)

50817 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-] PCR) - volným textem

 

50909 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnost - popis (RNA; vlastnost/popis [-] *)

50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnost - popis (RNA; vlastnost/popis [-] PCR) - vlastnosti, volný text

 

Sekvenační vyšetření - určení varianty:

 

50804 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (sekvenace) (RNA; vlastnost/popis [-] *) - formalizovaně (ÚZIS)

50805 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (sekvenace) (RNA; vlastnost/popis [-] SEQ)

 

50802 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "pango" (RNA; seq. var. [-] *)

50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "pango" (RNA; seq. var. [-] SEQ) - neformalizovaně dle „pango“

 

50909 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnost - popis (RNA; vlastnost/popis [-] *)

50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnost - popis (RNA; vlastnost/popis [-] PCR) - vlastnosti, volný text

 

 

Podrobnější informace k položkám pro průkaz mutací nebo delecí a pro sdělení varianty:

NČLP - mutace, delece a varianty SARS-CoV-2

 

Základní informace k problematice:

NČLP - mutace, delece a varianty - výklad

 

 

E: „Matice MTV = KVAL“

 

U položek, kde je výsledkem formalizovaný text z matice MTV=KVAL, se pracuje s těmito klíči:

NEGAT

POZIT

HRAMICNI

NEPROKAZ

PROKAZ

NELZE

NEPROVED

K uvedeným klíčům jsou definované názvy i plné názvy - viz obsah MTV.

Vzhledem k tomu, že některé LIS používají spíše NEPROKAZ/PROKAZ a jiné NEGAT/POZIT, jsou přípustné obě možnosti, při zpracovávání dat je nutné ošetřit, že v tomto případě odpovídá POZIT=PROKAZ a NEGAT=NEPROKAZ.

Klíče jsou sdělované povinně, textové vyjádření pro nález bývá přebíráno z národní nebo lokální části MTV.

 

V případě průkazu mutací / delecí je nutné uvádět všechna vyšetření mutací /delecí z příslušného pacientova vzorku, včetně těch, která patří do spektra, ale nebyla provedena (NEPROVED).

 

 

F: „Informatické položky pro potřeby sdělování vyšetření SARS-CoV-2“

 

Zavedeno v březnu 2020 pro dočasné používání po dobu pandemie COVID-19.

 

20897 SARS-CoV-2 - zpráva k vyšetření (Blok interpretační, sdělení; TYPE [-] Datový přenos)

 

Prostor pro vkládání dalších informací k vyšetřením SARS-CoV-2 dle pokynů ÚZIS.

Připojuje se k hlášení ÚZIS aj.

Pomocná položka pro potřeby mimořádných epidemiologických opatření. Její obsah si určuje ÚZIS.

 

20898 SARS-CoV-2 - specifikace procedury (Blok interpretační, sdělení; TYPE [-] Datový přenos)

 

Prostor pro vkládání doplňujících informací k vyšetřením SARS-CoV-2, které IS odesílatele nesděluje formalizovaně.

Patří sem především podrobnější specifikace procedury (dle pokynů ÚZIS). Dočasně také specifikace systému a subsystému případně odběru, pokud toto neumí IS odesílatele sdělovat prostřednictvím DS 4.20.01 a výše.

Krátký text. Položka dočasného významu. Její obsah si určuje ÚZIS.

 

Například:

RT-PCR pro jeden gen

pankoronavirová RT-PCR

a další dle pokynů ÚZIS

 

 

Aktualizováno 28.3.2021