NČLP - mutace, delece a varianty SARS-CoV-2

 

V následujícím seznamu uvádíme vždy jen položky s procedurou PCR, nejsou uváděné pomocné položky s procedurou *, které slouží pouze k realizaci vazeb na mezinárodní položky (kódy) NPU.

 

A.

Pro průkaz mutací a delecí viru a určení varianty jsou k dispozici položky:

 

50785 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA; přítomnost [-] PCR)

50807 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA; přítomnost [-] PCR)

50787 RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA; přítomnost [-] PCR)

50791 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA; přítomnost [-] PCR)

50839 RNA viru SARS-CoV-2 - F888L (RNA; přítomnost [-] PCR)

50793 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA; přítomnost [-] PCR)

50811 RNA viru SARS-CoV-2 - K417T (RNA; přítomnost [-] PCR)

50813 RNA viru SARS-CoV-2 - L452R (RNA; přítomnost [-] PCR)

50795 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA; přítomnost [-] PCR)

50815 RNA viru SARS-CoV-2 - N501T (RNA; přítomnost [-] PCR)

50797 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA; přítomnost [-] PCR)

50799 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA; přítomnost [-] PCR)

50801 RNA viru SARS-CoV-2 - T716I  (RNA; přítomnost [-] PCR)

50837 RNA viru SARS-CoV-2 - V1176F (RNA; přítomnost [-] PCR)

50809 RNA viru SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] PCR)

50789 RNA viru SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] PCR)

50907 RNA viru SARS-CoV-2 - Del141-143 (RNA; přítomnost [-] PCR) 

 

Výsledkem je formalizovaná textová hodnota dle MTV = KVAL (tj. jako u průkazu přítomnosti viru).

 

Čili k jednomu ID pacienta a k jednomu času události může být sdělováno jedno či více těchto provedených vyšetření (sděluje se celá realizovaná paleta) a k nim může být připojena interpretace v položce:

 

50783 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)

 

Tato položka byla vytvořena pro potřeby sdělování emergentních sledovaných variant do registru ÚZIS,

který ale postupně přechází na sledování samotných průkazů mutací a delecí - časem bude tato položka 50783 upozaděna a MTV GTYPCOMD již nebude doplňována.

 

Položka 50783 má nyní matici MTV = GTYPCOMD s výčtem současných sledovaných (emergentních) variant a jejich kombinací, jak to jednotlivé současné různé soupravy umožňují stanovit.

Pro ilustraci je připojen jen stručný obsah číselníku, je uveden „název do sestav“ - „KLÍČ“:

 

britská varianta - VA

jihoafrická varianta - VJ

brazilská Manaus varianta - VB

česká varianta - VC

britská/jihoafrická varianta - VAJS

britská/jihoafrická/brazilská Manaus varianta - VAJBS

jihoafrická/brazilská Manaus varianta - VJBS

britská/brazilská Manaus varianta - VABS

britská/česká varianta - VACS

jihoafrická/česká varianta - VJCS

susp. britská varianta - VAS

susp. jihoafrická varianta - VJS

susp. brazilská Manaus varianta - VBS

susp. česká varianta - VCS

jiná varianta - VVVVVV

 

Poznámky:

Rozlišují se dvě varianty označované jako „brazilská. Varianta P.1 = 20J/501Y.V3 = „brazilská Manuas“,

varianta B.1.1.28 = „brazilská“ (tato zatím není do MTV zařazena).

 

„Jiná varianta“ znamená, že v číselníku není k dispozici, uvádí se do poznámky - viz položka 50817.

 

U variant „buď/nebo“ není uváděno slovo „suspektní“, jednalo by se o nadbytečnou duplicitní informaci.

 

Pro sdělování dalších informací a poznámek (volným textem), v návaznosti na stávající položku 50783, je k dispozici položka:

 

50817 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-] PCR) 

 

Touto položkou se také sdělují „jiné varianty“, které nebyly definované v číselníku GTYPCOMD.

 

Pokud je třeba sdělit (volným textem) vlastnosti zjištěné varianty nebo zjištěných mutací / delecí, použije se položka:

50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnost - popis (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)

 

 

B.

Pro sdělování sekvenačně zjištěné varianty viru jsou k dispozici položky:

 

 

50805 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (RNA; vlastnost/popis [-] SEQ)

50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta „pango“ (RNA, SEQVAR [-] SEQ)

 

 

Položka 50805 má matici MTV = GTYPCOV, která je průběžně doplňována.

Dále uvádíme, jak byla postupně rozšiřována.

 

a.

K 1. 3. 2021 obsahovala:

 

1.

Klíč = D614G

Název = D614G

Synonyma = 19B; A.27+ A.28

Poznámka = D614G (do ledna 2021 byla v ČR majoritní varianta)

 

2.

Klíč = VOC2020

Název = VOC 202012/01 (britská varianta)

Synonyma = VOC 202012/01; VUI 202012/01; VOI 202012/01; 20I/501Y.V1; B.1.1.7; Brigita

Poznámka: VOI je označení pro zkoumané varianty, VOC pro mutace vyvolávající obavy = vývoj, postupné přeznačení…

 

3.

Klíč = CLUST5

Název = Cluster 5

Synonyma = nejsou známa

Poznámka = Cluster 5 - mutace objevená u zvířat v Dánsku, již bez praktického významu

 

4.

Klíč = 501Y.V2

Název = 20H/501Y.V2 (jihoafrická varianta)

Synonyma = 20H/501Y.V2; B.1.351; JAR 

 

5.

Klíč = P.1

Název = 20J/501Y.V3 (brazilská varianta „Manaus“)

Synonyma = P.1; 20J/501Y.V3; B.1.1.248; Manaus

Poznámka = rozlišuje se P.1 („brazilská Manaus“) a B.1.1.28 („brazilská“)! 

 

6.

Klíč = 20A

Název = B.1.258 (česká varianta)

Synonyma = 20A; B.1.258

Poznámka = dosud neoficiální, ale v praxi již takto vyšetřovaná

 

7.

Klíč = JINAVAR

Název = jiná varianta

Poznámka = pokud byla určena varianta, která není definována v číselníku, sděluje se prostřednictvím položky 50803 kódem dle Pangolin lineage.

 

 

Poznámky:

V číselníku jsou na nezbytně nutnou dobu ponechány i původní suspektní varianty, které byly využívány v původní provizorně připravené položce 50781 - jsou označené jako obsoletní (následně budou označeny jako neaktuální).

Číselník bude nadále sloužit ke sdělování sledovaných (emergentních) variant zjištěných sekvenací.

 

 

b.

K 15. 3. 2021 byly doplněny varianty a provedeny úpravy názvů:

 

Úpravy názvů u klíčů:                                 

VOC2020, 501Y.V2, P.1, 20A,

 

Plné názvy nových položek:

A.27 (19B - D614)                                     

A.28 (19B - D614)

B.1.1.28 (brazilská varianta)

P.2 (brazilská varianta)       

Upozornění: rozlišuje se P.1 ("brazilská Manaus") a P.2 (brazilská) a B.1.1.28 ("brazilská")!   

B.1.1.526 (Jižní Amerika)   

B.1.429 (Kalifornie)     

A.23.1 (Liverpool)             

B.1.525 (UK/Nigerie)           

B.1.207 (Nigerie)

Dosud neoficiální označení (březen 2021).

B.1.1.318

Zatím bez dalšího označení (březen 2021).

 

 

c.

K 1. 4. 2021 byly doplněny varianty:

Plné názvy nových položek:

P.3 (Filipíny)

B.1.324.1 (UK Antigua)

 

Aktuální obsah číselníku MTV = GTYPCOV nejdete v NČLP v soupisu matic MTV, v programu ČLP, SLP a v exportovaných datech NČLP.

 

Položka 50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta „pango“ (RNA, SEQVAR [-] SEQ) je uváděna vždy, když je v položce 50805 sdělována „jiná varianta“.

Položka 50803 může být připojována k položce 50805 obecně, pak v 50805 bude sdělení realizováno formalizovaným textem a v 50803 bude odpovídající zápis prostřednictvím kódu Pangolin lineage (informace musí být významově totožné!).

Sdělování pouze prostřednictvím položky 50803 je nevhodné, neboť pro další automatické zpracovávání nejednoznačné (nepoužitelné).

 

Pokud je třeba sdělit (volným textem) vlastnosti zjištěné varianty, použije se položka:

50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnost - popis (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)

 

 

C.

Původní provizorní položka 50781 je nahrazena výše uvedenými položkami novými.

 

Původní položky 50781 a pomocná 50780 jsou již označené jako „neaktuální“, nepoužívat!

 

50781 RNA viru SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] PCR)

50780 RNA viru SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] *)

 

Matice MTV=GTYPCOV, která byla založena k položce 50781, je připojena k položce 50805.

 

Poznámka:

Položka 50781 byla urgentně zavedena v lednu 2021, když bylo nutné rychle a zjednodušeně zahájit sledování nových variant viru. Následně byly doplněny další finální položky a tato původní zanikla.

(Položka 50780 byla doprovodná pomocná položka s procedurou * - ty jsou vytvářené s ohledem na vazby na mezinárodní položky NPU.)