SARS-CoV-2

Přehled sledovaných variant viru SARS-CoV-2 a jeho sledovaných mutací a delecí ve vazbě na položky NČLP

Zpracovala RNDr. Helena Jiřinová, Státní zdravotní ústav Praha, Národní referenční laboratoře pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění

Matice variant a delecí i mutací včetně popisů - dokument ke stažení (pdf) - 29.7.2021

Matice a kompletní podklady s řadou dalších informací - excel ke stažení (xlsx) - 29.7.2021

Stručná informace k problematice - dokument ke stažení (pdf) - 19.6.2021

Podrobnější informace k problematice včetně pokynů - dokument ke stažení (pdf) - 19.6.2021

V matici uváděné varianty jsou zapracované do MTV = GTYPCOV, s níž pracuje položka NČLP 50805.
Uváděné mutace a delece jsou samostatné položky NČLP s uvedenými klíči (PCR a SEQS).
Pokud není klíč uveden, nebylo dosud do NČLP doplněno, není dosud vyšetřováno v praxi.

Mutace zájmu v S vybrány dle:
https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

Informace k souvisejícím položkám NČLP

A. sekvenační stanovení varianty:
Varianty určené sekvenačně se sdělují položkou NČLP 50805 dle MTV=GTYPCOV.
Klíče v MTV=GTYPCOV jsou jednoznačné a trvalé, nemění se při překódování ani při úpravách názvů. Pro sdělování v rámci DASTA jsou tyto klíče povinné, pro IS v praxi nyní nejvhodnější!

Pokud není sdělovaná varianta dosud definována v MTV=GTYPCOV, zadá se v položce NČLP 50805 klíč „JINAVAR“ a konkrétní zjištěná varianta se sdělí položkou NČLP 50803 kódem dle Pangolin lineage nebo položkou NČLP 51360 kódem dle Nextstrain/WHO (lze využít obě současně).

Ke sdělení vlastností slouží položka 50910, sděluje se volným textem, je věcí laboratoře.

B. PCR stanovení mutací a delecí:
Pokud jsou prostřednictvím položek NČLP sdělované mutace a delece zjištěné PCR stanovením, je vždy nutné sdělovat celou paletu provedených vyšetření přítomnosti/nepřítomnosti testovaných mutací a delecí - pracuje se se sadou položek s procedurou PCR (nepoužívat procedury * ani SEQS!).
Může být připojena interpretace prostřednictvím položky NČLP 50817, sděluje se volným textem.

C. Parciální sekvenační stanovení varianty (Sanger):
V případě parciální sekvenace (Sanger) se pracuje s paletou položek pro sdělování (průkaz) mutací/delecí s procedurou SEQS (nepoužívat procedury * ani PCR!).

Informace ke sdělování variant, mutací a delecí viru SARS-CoV-2 - dokument ke stažení (pdf)